1、税收待遇各不同。主要体现在企业所得税和流转税上。分公司和办事处的最大差异就是分公司可以有合法的经营行为，而办事处只能为总公司联系业务，开据发票和发货都必须由总公司完成。
2、在外地设立分支机构，主要有两种形式：一种为分公司；一种为办事处。分公司可以从事经营活动，而办事处一般只能从事总公司营业范围内的业务联络活动，这是两者的最大区别。
3、经营能力不同。根据工商法规要求，有经营行为的分支机构必须采取分公司形式，无经营行为可以设立办事处。在工商登记方面，办事处和分公司都属于公司分支机构，要求提交的材料基本相同。从分支机构职能上看，办事处只能做销售协调，不能经营。分公司能与客户签合同，开发票，全面展开业务，这是两种分支机构最重要的区别。