（一）价格
商品房完全是市场价，而经济适用房是政府指导限制价。
对于商品房政府是完全采取市场化的运作方式，由市场确定各种资源应收的价位。对于经济适用房，除免收土地出让金外，并给予别的方面的优惠政策，如各种配套费减半征收;所有的行政事业的收费减半;小区的建设配套费不摊入住宅的成本，这些优惠政策，使经济适用房的建设相对来说要比商品房价格优惠一大块。
（二）质量
经济适用房价格比商品房低并不是因为降低工程质量。政府对经济适用房的工程质量（或者叫功能质量、环境质量、服务质量）与商品房的要求是完全一致的。
经济适用房不会像一般人所说的，既然价格比较低，它的质量很难保证。因为建设经济适用房，政府在其中起了关键的指导作用。政府的作用主要体现在：对这个项目先是政策上的优惠，另外对整个工程质量有比较高的要求，确保给消费者提供的这种保障住宅有好的质量。所以购房者可以放心，经济适用房的质量是有保证的。
（三）户型面积
经济适用房的单元（套型）面积相对要比商品房的小些，它以“适用”为主。
在经济适用房管理办法中规定，经济适用房的户型，应该主要以二、三居室为主。也就是开发商要以建设面积适中、功能比较齐全的住房为主，而不是追求超大面积的户型。
而商品房的户型面积则开发商会根据市场需要而定位，如普通住宅和公寓住宅的多居室、复式、跃层、错层以及别墅等等，上海近来甚至出现了独院住宅、联体别墅和北京出现的“弧形户型”（有别于普通的四方形户型）等新形式。商品房的面积也从几十到几百平方米不等。
（四）设备标准
开发商为了把商品房的销售价格提起来，在商品房的建设过程中，可以使用一些进口的高档设备。
对经济适用房从政策上要求：尽量采取一些质量比较好、价格比较适中的功能设备，以降低房价。或者说本身由于市政府在价格上的限定，所以开发商一般也不会用太高档的设备。