车主有补充赔偿责任。
交通部门认定责任后，保险公司赔偿后，不足部分，由车辆使用人承担赔偿责任，车主有如下情形，承担相应的赔偿责任。
因租赁、借用等情形机动车所有人与使用人不是同一人时，发生交通事故后属于该机动车一方责任的，由保险公司在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。不足部分，由机动车使用人承担赔偿责任;机动车所有人对损害的发生有过错的，承担相应的赔偿责任。
《民法典》第一千二百零九条，因租赁、借用等情形机动车所有人、管理人与使用人不是同一人时，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由机动车使用人承担赔偿责任;机动车所有人、管理人对损害的发生有过错的，承担相应的赔偿责任。